卒業式の日、帰宅した飛田匡（鈴鹿央士）に残されていた飛田迅平（板尾創路）からの手紙。突然、父が失踪した。迅平は推理小説作家で、かつては賞候補にもなった売れっ子だったが、最近は見る陰もなかった。貯金を食いつぶし破天荒で自由奔放な父に対し、「自分はもっと地に足の着いた真っ当な人間になる」と、一流企業や公務員に狙いをしぼって就職活動していた匡だが、採用する企業はなかった。そんな最中で迅平は失踪し、匡には父の莫大な借金だけが残されていた。事件性ゼロの失踪に警察ではまるで取り合ってもらえず、父の著書から出てきた名刺を頼りに、ジョーカー探偵社に足を運んだ匡。失踪調査にかかる費用は莫大でとても払えないが、探偵学校の募集を目にすると、学費は調査費用より遥かに安い。探偵学校を卒業すれば、探偵社に就職でき、迅平も探せる！と匡はジョーカー探偵学校への入学を決意する。同期のクラスメイトは年齢も経歴もバラバラ。芹沢朋香（堀田真由）は、匡が入学手続きをした帰り道、何故か尾行してきた、他人の秘密が大好きで、性質が高じて探偵を志す変わり者だ。探偵には国家試験など無く、申請さえすれば誰でもなることが可能だ。「お前らのようなアマちゃんどもが探偵を気取って、探偵の品位を下げられては迷惑だ」と鬼教師からはっぱをかけられた匡たちは、『尾行』『張り込み』『盗聴・盗撮調査』『聞き込み』『信用調査』と様々なスキルを学んでいく。